明朝嘉靖四十二年(1563年)五月，福建宁德县城刚受倭寇劫掠，满目疮痍，广东潮阳举人林时芳临危受命，由福建漳州府漳浦县教谕升任宁德知县。
莅任之初，由于倭寇横行，宁德城内十室九空，一片狼藉。短短两个多月内，林时芳夜以继日，维护地方治安，杖责海盗，赈济地方贫士，为百姓赎回妻儿……种种举措深得人心。
林时芳赴任后的首要之事是重建城池。城池是冷兵器时代最重要的军事设施，有了坚固的城池，就算倭寇胆敢卷土重来，百姓也有个避难之所。
嘉靖四十一年(1562年)九月，抗倭名将戚继光取得横屿大捷后不久，福宁知州夏汝砺就启动宁德城重建。彼时林时芳还未到任，谁知工程刚刚启动，一批倭寇就来侵袭，工匠们闻风逃窜，倭贼来往县城如同走家串户，城内惨状可想而知。
林时芳说：“予来抚兹县，必域尔于奠，安敢玩祸弃民，罪孰予逭?尔辈无恐哉!”他无所畏惧，迎难而上，一到任就着手制定宁德新城池的整体规划，此外他还积极向上级争取资金。但刚开工没几天，林时芳就碰到了棘手的问题，由于县城两次被倭寇侵占，百姓饱受蹂躏，朝廷虽已收复县城，但百姓心中仍有余悸，宁可隐遁于深山峡谷，也迟迟不肯回城。
百姓不回城，重建家园也是空有其表，无济于事。林时芳辗转反侧，终日思考对策，终于想出了办法。他一方面发动地方乡绅崔廷复、陈言等人出面游说，做通百姓的思想工作;另一方面派人到老家广东潮阳迎请老母到宁德，居住在简陋的县衙后堂，林时芳与母亲同吃同住，早晚尽孝。
闽粤之间，山海阻隔，从潮州府到福宁州路途不短，十多天的跋涉，对年迈的林母而言，其中辛苦，无需赘述。可为了感化百姓，让他们放心归城，林时芳纵有千般不忍，还是决定让母亲远离家乡，真可谓是用心良苦。
果然，经过林时芳“奉母于官”的举动，以及乡绅崔廷复等人的反复劝说，宁德百姓感动了，不久后他们便扶老携幼回到城里。
嘉靖四十三年(1564年)正月，经过近半年的努力，宁德县城重建工程完成了大半。其间虽遇石材缺乏、资金不足等困难，但得益于林时芳的指挥得当、带头捐俸，问题也都迎刃而解。同年三月，宁德城重建完成，“城高及垛丈八尺五寸，厚丈六尺;改窝铺为游廊，六百九十有九间，防雨圯，且便守也!敌楼四十座，门四，匾曰：镇靖、崇顺、永宁、遵化”，内外马道，三面临河，上通山涧，下接海潮，固若金汤。
城池建好了，各类官府机构也要恢复，还要帮助百姓修缮倭乱中毁坏的房屋。于是，凡宁德县衙、按察分司署、学宫文庙等先后修复，焕然一新。
为了纪念林时芳的再造之功，也为了让后人记住这段饱受磨难的历史，宁德教谕张秉衷托人延请罢官家居的前广东按察司佥事林爱民题写碑记，这方题名为《林大尹重城宁德记》的碑刻至今仍屹立于南漈山时芳亭中。
隆庆元年(1567年)，林时芳因为政绩卓著，擢贵州独山知州。离任之日，百姓留其衣冠，并塑像供奉，祀于宁德城隍庙中，足见百姓对他的尊敬。