习近平总书记在十九届中央纪委五次全会重要讲话中强调，要以系统施治、标本兼治的理念正风肃纪反腐，不断增强党自我净化、自我完善、自我革新、自我提高能力。全会工作报告要求，坚持系统施治、标本兼治。然而实践中有的存在本位主义、部门观念，只顾本级、不抓系统，统筹指导不够，系统优势发挥不足；有的缺乏系统观念、协作意识，习惯自我中心、单打独斗，影响监督治理效能整体发挥；有的一体推进思维和能力不强，把“三不”割裂开来，“惩、治、防”衔接不够、治标和治本相互脱节等等。
坚持系统施治、标本兼治，是习近平新时代中国特色社会主义思想蕴含的重要观点和基本方法，是坚持系统观念的基本要求和具体体现。习近平总书记多次强调，要坚持系统思维、系统观点、系统方法，注重把握系统性、整体性、协同性，增强系统治理、依法治理、综合治理、源头治理的意识和能力。党的十九届五中全会把坚持系统观念提升为治国理政的基础性思想和工作方法，确立为经济社会发展必须遵循的五条重要原则之一。坚持系统施治、标本兼治，就是要从系统观念出发，加强前瞻性思考、全局性谋划、战略性布局、整体性推进，把解决体制性障碍、结构性矛盾、政策性问题统一起来，加强各方面协调配合，使全局和局部相配套、治本和治标相结合、渐进和突破相衔接，实现整体推进和重点突破相统一，不断增强系统性、创造性、实效性。系统施治、标本兼治是一个内在统一的有机整体，系统施治是方向、是目标，标本兼治是路径、是方法，有机统一于管党治党、治国理政各项工作之中。
坚持系统施治、标本兼治，既是纪检监察工作高质量发展的内在要求，也是深化纪检监察体制改革的重要方法。党的十九大以来，纪检监察机关深入学习贯彻习近平总书记有关重要论述精神，结合实际探索系统施治、标本兼治的具体路径和有效方法，推动纪检监察工作高质量发展。一是坚持“三不”一体、统筹推进，着力打通不敢腐、不能腐、不想腐的内在联系，全面提升治理腐败效能，促进反腐败斗争从抓“他律”向促“自律”深化、从“治病症”向“去病根”深化。二是坚持贯通融合、凝聚合力，统筹衔接“四项监督”，推动协助职责和监督责任贯通协同、主体责任和监督责任一贯到底，充分发挥监督治理效能，促进党和国家监督制度、反腐败体制机制更加成熟定型。三是坚持上下贯通、左右衔接，抓机关、带系统、促基层，充分发挥纪检监察机关组织作用和系统优势，层层压实责任、传导压力，推动全国纪检监察工作形成“一盘棋”。
纪检监察机关是一个系统，全面从严治党、党风廉政建设和反腐败斗争也是系统工程。坚持系统施治、标本兼治，首先要从政治上看全面从严治党、党风廉政建设和反腐败斗争，自觉把纪检监察工作置于党和国家事业发展大局中统筹推进，使正风肃纪反腐与不断提高党的建设质量相适应、与现代化建设任务要求相契合，切实增强政治判断力、政治领悟力、政治执行力。要注重统分结合、整体联动，既“操其要于上”，也“分其详于下”，紧盯监督短板弱项，找准工作切入点突破口，实践探索“三不”一体推进的实现途径、有效载体、具体办法，打通“四项监督”之间的断点、堵点、盲点，增强各项工作的关联性和耦合性。要注重发挥系统优势、彰显组织功能，一手抓本级、一手抓系统，一手抓履行监督第一职责、一手抓发挥监督治理功能，紧扣监督检查、审查调查等关键环节，加强上级纪委监委对下级纪委监委、派出机关对派驻机构的领导，探索完善“室组”联动监督、“室组地”联合办案制度机制，推动内设纪检机构、监管机构等形成监督合力，一级抓一级、一级带一级，形成上下贯通、左右联动、齐抓共管工作格局。